Ruang lingkup UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta telah termaktub dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta serta peraturan Menteri Agama Nomor 86 Tahun 2023 tentang Perubahan atas PMA No 26 Tahun 2023,  Peraturan Menteri Agama Nomor 46 Tahun 2017 tentang Perubahan Kedua atas PMA No 16 Tahun 2013 tentang Organisasi Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta, dan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 57 Tahun 2022 tentang Perubahan Ketiga atas Peraturan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta

Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta adalah perguruan tinggi yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Agama. UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta memiliki tugas penyelenggaraan pendidikan tinggi yang meliputi program pendidikan akademik, vokasi/ dan atau profesi, penelitian, dan pengabdian kepada Masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi, keagamaan islam, dan ilmu umum sesuai dengan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugasnya, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta menyelenggarakan fungsi:

1.  Perumusan dan penetapan visi, misi, kebijakan, dan perencanaan program:
2.  Penyelenggaraan dan pelaksanaan pendidikan akademik, vokasi, dan/atau profesi, penelitian, dan pengabidan pada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi, keagamaan Islam, dan ilmu umum;
3.  Pelaksanaan pembinaan sivitas akademika; dan
4. Pelaksanaan administrasi, evaluasi, dan pelaporan.

Organisasi Universitas terdiri dari Organ Pengelola, Organ Pertimbangan, dan Organ Pengawasan. Adapun Organ Pengelola UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta terdiri atas:

1.  Rektor dan Wakil Rektor;
2.  Fakultas;
3.  Pascasarjana;
4.  Biro;
5.  Lembaga; dan
6.  Unit Pelaksana Teknis.