UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta memiliki beberapa pusat studi sebagai wadah pengembangan keilmuan untuk kemajuan peradaban.
Pusat studi yang dimiliki UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta antara lain:
- Pusat Pengembangan Tenaga Dosen (Center for Teaching Staff Development)
- Center for Neuroscience Health and Spirituality
- Center for Neuroscience and Psycho-Spiritual Empowering
- Pusat Studi Keberagaman Agama dan Sosial Budaya (Center for the Study of Religious and Social-Cultural Diversity)
- Diskusi Malam Sabtu
- Pusat Studi Manajemen Pendidikan Tinggi
- Pusat Studi dan Produksi Kaligrafi
- Pusat Studi Kewirausahaan
- Pusat Studi Islam dan Transformasi Sosial (Center for the Study of Islam and Social Transformation)
- Pusat Studi Media dan Seni Budaya
- Pusat Studi Wanita
- Pusat Pengarusutamaan Gender dan Hak Anak
- Pusat Studi Islam Asia Tenggara (ISAIs)
- Al-Jami'ah Research Center
- Integrated and Sustainable Development Institute (ISD Institute)
Pusat studi pada Fakultas Adab dan Ilmu Budaya:
- Lembaga Studi Ilmu Perpustakaan
- Lembaga Kajian Sejarah dan Budaya
- Lembaga Kajian Timur Tengah
- Lembaga Bahasa Asing
- Sunan Kalijaga Center
Pusat studi pada Fakultas Dakwah dan Komunikasi:
- Pusat Studi Dakwah dan Transformasi
- Lembaga Konsultasi dan Kesejahteraan Keluarga
- Pusat Kajian Kebijakan dan Pemberdayaan Masyarakat (PK2PM)
Pusat studi pada Fakultas Syari'ah dan Hukum:
- Institute for Religion and Human Rights Studies
- Pusat Kajian Pajak dan Zakat
- Lembaga Studi dan Bantuan Hukum
Pusat studi pada Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan:
- Center for Developing Islamic Education
Pusat studi pada Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam:
- Pusat Studi Agama dan Bencana
- Laboratorium Religi dan Budaya Lokal
- Laboratorium Al Qur'an dan Hadis
- Pusat Studi Al-Qur'an dan Hadis (PSQH) / Center for Al-Qur'an and Hadith Studies (CQHS)
- Laboratorium Filsafat "Hikmah"
Pusat studi pada Fakultas Sains dan Teknologi:
- Hisab-Ru'yat Research Center
- Halal Research Center
Pusat studi pada Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora:
- Pusat Pengembangan Ilmu Sosial dan Humaniora
- Pusat Psikologi Terapan
Pusat studi pada Program Pascasarjana:
- Pusat Kajian Dinamika Agama, Budaya, dan Masyarakat
- Dialogue Center