• Senat Universitas

• REKTOR Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga
  Wakil Rektor Bidang Akademik Dan Pengembangan Lembaga	Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum, Perencanaan Dan Keuangan	Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan Dan Kerjasama

• Dewan Penyantun/
  Dewan Pengawas

• Satuan Pengawasan Internal

• BIRO
  Administrasi Umum Dan Keuangan
  • Kelompok Jabatan Fungsional
  • Bagian Organisasi, Kepegawaian Dan Hukum
  • Bagian Rumah Tangga
  • Bagian Tata Usaha
• BIRO
  Administrasi Akademik, Kemahasiswaan Dan Kerjasama
  • Kelompok Jabatan Fungsional
  • Bagian Kerjasama Dan Kelembagaan
  • Bagian Kemahasiswaan Dan Alumni
  • Bagian Perencanaan
  • Bagian Akademik

• Lembaga Penelitian dan
  Pengabdian Masyarakat
• Lembaga Penjaminan Mutu

• UPT Pusat
  Perpustakaan
• UPT Pusat
  Pengembangan Bahasa
• UPT Pusat
  Pengembangan Bisnis
• UPT Pusat
  Teknologi Informasi
  Dan Pangkalan Data