Perbincangan tentang apa yang disebut “ilmiah” seringkali diasumsikan sudah selesai. Dalam bayangan banyak orang, terutama pasca apa yang dikenal sebagai Revolusi Ilmiah, ilmu pengetahuan identik dengan objektivitas, netralitas, dan keterlepasan dari kepentingan ideologis maupun keagamaan. Dalam konteks ini, sebuah lembaga pendidikan akan dianggap “ilmiah” sejauh ia mampu menjaga jarak dari doktrin, otoritas, dan orientasi normatif tertentu.

Saya masih ingat beberapa materi makul filsafat dan filsfat ilmu saat kuliah di Prodi Ilmu Filsafat dan Agama dan Studi Islam, S2-S3 Pascasarjana UIN Suka, sempat belajar dg Prof Kuntowibisono UGM, Prof Mukti Ali dg gagasan saintific cum doctriner, Dr. Haryatmoko, Prof Amin Abdullah, Prof Machasin, dan Prof Komarudin Hidayat dll. Juga Prof Magnis Suseno.

Nah,  jika kita menengok perkembangan filsafat ilmu kontemporer, gambaran tersebut yakni bahwa ilmiah itu ternyata tidak sesederhana itu.
Pemikir seperti Thomas Kuhn, misalnya, justru menegaskan bahwa ilmu tidak pernah benar-benar berdiri di ruang hampa. Ia tumbuh dalam kerangka paradigma, yaitu seperangkat asumsi,  nilai, metode dan praktik yang dianut oleh komunitas ilmiah tertentu. Ini menguatkan argumen teori Sosiologi of Knowledge nya Karl Manheim bahwa semua produk pengetahuan, termasuk tafsir agama, tidak ada yang benar benar netral. Ia diproduksi  dalam konteks sosio histories bahkan kepentingan politik tertentu, Disitu perlu dilihat mana dimensi atau aspek ideologis dan Utopia dan sebagainya.

 Sementara itu, Karl Popper dengan teori falsifikasi juga melihat pentingnya kritik dan falsifikasi, tetapi tidak pernah menuntut bahwa ilmuwan harus sepenuhnya bebas dari latar belakang keyakinan. Bahkan Paul Feyerabend berpikir lebih jauh dengan mempertanyakan ulang  adanya standar tunggal dalam ilmu pengetahuan.
Dari sini, kita perlu menyadari bahwa “ilmiah” bukanlah kategori yang sepenuhnya steril dari konteks. Ia selalu berkait berkelindan dengan sejarah, tradisi, bahkan—dalam batas tertentu—nilai dan keyakinan agama tertentu.
Dalam konteks ini, menarik untuk membaca ulang keberadaan pesantren. Selama ini, tidak jarang muncul pandangan yang melihat pesantren—baik yang tradisional maupun modern—lebih sebagai ruang dakwah atau pelestarian tradisi keagamaan, daripada sebagai ruang produksi ilmu pengetahuan dalam pengertian modern. Ada asumsi bahwa karena pesantren memiliki komitmen terhadap ajaran tertentu, maka ia sulit memenuhi kriteria “ilmiah” yang menuntut netralitas dan keterbukaan penuh terhadap kritik.
Pandangan semacam ini memang memiliki titik pijak historis, terutama jika kita melihat bahwa pesantren secara historis berfungsi sebagai penjaga tradisi keilmuan Islam (turats), termasuk dalam ranah teologi dan fikih. Relasi antara kiai dan santri pun sering kali dibangun di atas fondasi adab, penghormatan, dan kepercayaan yang kuat. Dalam beberapa kasus, hemat saya ini memang bisa berimplikasi pada terbatasnya ruang kritik yang terbuka dan egaliter sebagaimana diidealkan dalam dunia akademik modern.
Namun demikian, jika kita menyimpulkan bahwa pesantren secara keseluruhan tidak “ilmiah” atau bahkan tidak pernah ilmiah,  tampaknya terlalu menyederhanakan realitas.
Ada beberapa argument yang bisa dikemukakan,yaitu

Pertama, pesantren bukan entitas tunggal. Ia adalah spektrum yang sangat beragam—mulai dari pesantren salaf yang berfokus pada kajian kitab klasik, hingga pesantren modern yang telah mengintegrasikan kurikulum akademik, metodologi penelitian, bahkan publikasi ilmiah. Bahkan ada pesantren yang mengkombinasikan sains. Seperti Trensains di Jombang. Kebetulan atau "qadarullah" ---meminjam istilah yg lebih teologis, meski mungkin dianggap tidak ilmiah ---- Alhamdulillah, anak saya, saya pondokkan di sana.

Kehadiran pesantren tsb, bisa dinilai sebagai sebuah ikhtiar, untuk mencoba memadukan dan menginterkoneksikan antara sisi teologis etis dan saintifik dalam dunia pesantren.
Pendek kata, dalam beberapa dekade terakhir, banyak pesantren juga terlibat aktif dalam wacana keilmuan kontemporer, baik melalui kolaborasi dengan perguruan tinggi maupun melalui pengembangan kajian interdisipliner.
Kedua, praktik intelektual di pesantren sendiri tidak sepenuhnya tertutup. Tradisi seperti bahtsul masail, misalnya, menunjukkan adanya proses diskusi, argumentasi, dan bahkan perbedaan pendapat di antara para santri dan kiai. Memang, bentuknya berbeda dengan diskursus akademik modern, tetapi bukan berarti tidak memiliki dimensi rasionalitas.

Ketiga, jika kita kembali pada kritik filsafat ilmu kontemporer, maka tuntutan bahwa ilmu harus sepenuhnya bebas nilai juga perlu ditinjau ulang. Sejumlah pemikir Muslim seperti Syed Muhammad Naquib al-Attas, Kuntowijoyo, hingga Amin Abdullah justru menawarkan pendekatan yang berupaya mengintegrasikan antara ilmu dan nilai, antara rasionalitas dan etika. Dalam perspektif ini, keberpihakan pada nilai tertentu tidak otomatis meniadakan dimensi keilmiahan, selama proses epistemologis dan metodologis tetap dijaga.

Mungkin, yang lebih produktif bukanlah mempertentangkan secara tajam antara “ilmiah” dan “pesantren”, melainkan merefleksikan kembali apa yang kita maksud dengan “ilmiah” itu sendiri.
Apakah ilmiah harus selalu berarti netral tanpa nilai?
Apakah keterikatan pada tradisi otomatis menutup kemungkinan inovasi?
Ataukah justru ada ruang untuk membayangkan model keilmuan yang lebih dialogis dialektik—yang membuka diri terhadap kritik, tetapi tetap berakar pada nilai dan tradisi?
Dalam perspektif ini, kita bisa berkata bahwa pesantren bisa dibaca bukan semata mata sebagai ruang indoktrinasi, tetapi juga sebagai living tradition  atau Discursive Tradition meminjam istilah  Talal Asad--, tradisi yang terus bergerak. Tantangannya tentu ada, yaitu bagaimana memperluas ruang kritik, memperkuat metodologi, dan membuka dialog dengan disiplin ilmu lain. Namun di sisi lain, dunia akademik modern pun tidak sepenuhnya bebas dari bias, kepentingan, dan keterbatasannya sendiri.

Walhasil, perdebatan ini mengingatkan kita semua bahwa “ilmiah” bukanlah label yang statis, tidak mabni ala sukun, -dalam bahasa Ilmu Nahwu-, melainkan ia mu'rab dinamis,  sebuah proses yang terus dinegosiasikan. Pesantren, dengan segala keragamannya, berada dalam proses itu saya kira—kadang berjarak, kadang bersinggungan, dan dalam banyak hal, justru menawarkan kemungkinan sintesis yang belum sepenuhnya kita eksplorasi.
Akhir kata, hemat saya para ulama dulu juga sering menyebut  diksi

"Wa Allahu alam bi shawab" Sebuah kesadaran etis, bhw Allah sesungguhnya yang Maha Mengetahui ahu tentang hakikat kebenaran. Nah di situlah kesadaran etis sekaligus kritis dari para ulama tersebut , sadar bhw ada kemungkinan keliru ttg apa yang dikatakannya, namun dalam saat yang sama juga ada kesadaran kritis, bahwa apa yang dikatakannya bisa direvisi,  divalidasi dan divalsifikasi berdasarkan data data baru dan perkembangan konteks. 

wa Allahu a'lam bis shawab.