Tujuh Jurmal Ilmiah UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta mendapatkan peringkat akreditasi dari Direktur Jenderal Penguatan Riset dan Pengembanga, Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi . Informasi pemeringkatan Tujuh jurnal ilmiah ini disampaikan dalam Keputusan Direktoat Jenderal Penguatan Riset dan Pengembangan Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 21/E/KTP/2018, yang ditetapkan Tanggal 9 Juli 2018. Keputusan berlaku selama 5 tahun sejak ditetapkan.

Sementara itu, tujuh Jurnal Ilmiah UIN Sunan Kalijaga yang mendapat peringkat akreditasi adalah: Jurnal Al Ahwal: Jurnal Hukum Keluarga Islam, Prodi Al Ahwal Al-Syakhshiyyah, Fakultas Syari’ah dan Hukum, Nomor ISSN 25286617, ditetapkan dalam peringkat II bersama 189 jurnal ilmiah dari perguruan tinggi lainnya. Inklusi Journal of Disability Studies, Pusat Layanan Difabel, Nomor ISSN 25809814, ditetapkan dalam peringkat III bersama dengan 175 jurnal ilmiah dari perguruan tinggi lain. Biology, Medicine, and Natural Product Chemistry, Fakultas Sains dan Teknologi dan komunitas dan Komunitas Biodiversitas Indonesia, Nomor ISSN 25409328, JISKA (Jurnal Informatika, Fakultas Sains dan Teknologi), Nomor ISSN 25280074, Jurnal Pendidikan Agama Islam, Prodi Pendidikan Agama Islam, Fakultas Tarbiyah, Nomor ISSN 25022075, Profetik: Jurnal Komunikasi, Prodi Ilmu Komunikasi, Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora, Nomor ISSN 25490168, Jurnal Sosiologi Agama, Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam, Nomor ISSN 2548477X ditetapkan dalam peringkat IV bersama 93 jurnal dari perguruan tinggi lain. (Weni, Doni)