Rektor UIN Sunan Kalijaga Prof. Dr. Phil. Al Makin, S.Ag., M.Amelantik pejabat Kasubbag, Kepala Bagian dan Kepala Unit di lingkungan UIN Sunan Kalijaga. Prosesi pelantikan menggunakan prosedur Covid-19 dandiantara pejabat yang dilantik yaitu :

1. Miftahur Rofi', S.Ag., M.Ag sebagai Kepala Bagian Tata Usaha pada Fakultas Sains dan Teknologi
2. Edi Yusuf Setiabudi, SE sebagai Kepala Bagian Tata Usaha pada Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
3. Hendra Hidayat, S.Kom. sebagai Kasubbag Akuntansi dan Pelaporan Keuangan Bagian Keuangan dan Akuntansi
4. Dr. Taufik Burhanudin Aziz, S.Ag., M.A sebagai Kasubbag Kepegawaian pada Bagian Organisasi Kepegawaian dan Hukum Biro AUK
5. Suharyati, S.E sebagai Kasubbag Perencanaan, Akuntansi dan Keuangan pada Bagian Tata Usaha Fakultas Adab dan Ilmu Budaya
6. H. Dedi Nurmadi, S.E. sebagai Kasubbag Administrasi Umum pada Bagian Tata Usaha Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
7. Ahmad Nasif Al Fikri, S.Ag., M.M. sebagai Kasubbag Tata Usaha Lembaga Penjaminan Mutu
8. Suswini, S.E., M.Acc. sebagai Kasubbag Tata Usaha Pimpinan Bagian Tata Usaha
9. Lusiana, S.E., M.M. sebagai Kasubbag Keamanan dan Ketertiban pada Bagian Rumah Tangga
10. H. Bakri, SIP, sebagai Kasubbag Administrasi Alumni pada Bagian Kemahasiswaan dan Alumni
11. Silviana Dewi Setyasari, S.E. sebagai Kasubbag Penyusunan Program dan Anggaran pada Bagian Perencanaan
12. Agus Suroso, SE sebagai Kasubbag Evaluasi & Pelaporan Program & Anggaran pada Bagian Perencanaan
13. Fairus Rahmi, S.Sos., M.Si sebagai Kasubbag Kerja Sama pada Bagian Kerja Sama dan Kelembagaan
14. Dra. Oky Prastiwi Puspitasari sebagai Kasubbag Data dan Informasi Perencanaan pada Bagian Perencanaan
15. Fitri Nur Istiqomah, S.E., M.M. sebagai Kasubbag Perencanaan, Akuntansi, dan Keuangan pada Bagian Tata Usaha Fakultas Dakwah dan Komunikasi
16. Dra. Labibah, M.LIS sebagai Kepala Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pusat Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Periode 2020-2024
17. Fatma Amilia, S.Ag., M.Si sebagai Kepala Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pusat Pengembangan Bisnis Periode 2020-2024
18. Trio Yonathan Teja Kusuma, S.T., M.T. sebagai Kepala Pusat Penelitian dan Penerbitan pada Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP2M) UIN Sunan Kalijaga Periode 2020-2024
19. Achmad Zainal Arifin, M.A., Ph.D sebagai Kepala Pusat Pengabdian Kepada Masyarakat pada usat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP2M) UIN Sunan Kalijaga Periode 2020-2024
20. Dr. Astri Hanjarwati, S.Sos., M.A sebagai Kepala Pusat Layanan Difabel usat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP2M) UIN Sunan Kalijaga Periode 2020-2024
21. Dr. Epha Diana Supandi, S.Si, M.Sc. sebagai Kepala Pusat Pengembangan Standar Mutu Akademik pada Lembaga Penjaminan Mutu Periode 2020-2024
22. Dr. Irsyadunnas, M.Ag sebagai Kepala Pusat Audit dan Pengendalian Mutu pada pada Lembaga Penjaminan Mutu Periode 2020-2024
23. Muhammad Taufiq Nuruzaman,S.T., M.Eng., Ph.D sebagai Kepala Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data Mahasiswa (PTIPD)UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Periode 2020-2024

dalam kesempatan tersebut juga hadir untuk pertama kali Kepala Biro Administrasi Umum dan Keuangan UIN Sunan Kalijaga Dr. H. Abd Syakur, S.Ag, M.Si.​ yang didampingi olehKepala BiroAdministrasi Akademik, Kemahasiswaan Dan Kerjasama UIN Sunan Kalijaga Drs. H. A. Munir, M.A.